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Text File  |  1995-03-04  |  1.3 KB  |  30 lines
  1. ***********************************
  2. * Ribosomal protein S4e signature *
  3. ***********************************
  4.  
  5. A number of eukaryotic  and  archaebacterial ribosomal proteins can be grouped
  6. on the basis of sequence similarities. One of these families consists of:
  7.  
  8.  - Mammalian S4 [1].  Two  highly similar isoforms of this protein exist : one
  9.    coded by a gene on chromosome Y, and the other on chromosome X.
  10.  - Yeast S7 (YS6).
  11.  - Halobacterium marismortui HS3 [2].
  12.  - A probable ribosomal protein (ORF C) from Methanococcus vannielii [3].
  13.  
  14. These proteins  have  233  to  262  amino  acids.  As  a signature pattern, we
  15. selected a  highly  conserved  stretch  of  15  residues  in  their N-terminal
  16. section. Four positions in this region are positively charged residues.
  17.  
  18. -Consensus pattern: H-x-K-R-[LIVM]-[SA]-x-P-x(2)-W-x-[LIVM]-x-[KR]
  19. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  20. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  21. -Last update: December 1991 / First entry.
  22.  
  23. [ 1] Fisher E.M., Beer-Romero P., Brown L.G., Ridley A., McNeil J.A.,
  24.      Lawrence J.B., Willard H.F., Bieber F.R., Page D.C.
  25.      Cell 63:1205-1218(1990).
  26. [ 2] Arndt E.
  27.      FEBS Lett. 267:193-198(1990).
  28. [ 3] Auer J., Spicker G., Boeck A.
  29.      J. Mol. Biol. 209:21-36(1989).
  30.